La quinta temporada tiene lugar dos años después de la masacre del 7 de octubre. Volvemos a encontrarnos con el equipo de combatientes de Fauda y su lucha por superar la catástrofe que se abatió sobre Israel y que les afectó en lo más personal y doloroso. Lo que comienza como una campaña de venganza desenfrenada se convierte en una peligrosa operación para frustrar un atentado a gran escala que surge de donde menos se espera y que está a punto de golpear a Israel en un punto especialmente vulnerable.