Después del incidente en la Unión del Sudeste Asiático en 2116, Shinya Kogami reanuda su vida de vagabundo, sin rumbo fijo. Su recorrido lo lleva a una pequeña nación del sur de Asia, donde se ve envuelto en un conflicto armado. En medio del caos, rescata a un autobús lleno de refugiados que están siendo atacados por las fuerzas guerrilleras. Entre los refugiados se encuentra una joven llamada Tenzin, que le suplica a Kogami que la enseñe a tomar represalias contra el enemigo. La determinación y el valor de la chica despiertan algo en Kogami, que se ve obligado a reflexionar sobre su propio pasado y su forma de vida. ¿Qué ve la chica en Kogami que lo hace creer que puede ayudarla? ¿Qué la impulsa a buscar venganza? La historia de Kogami y Tenzin se entrelaza en un viaje de autodescubrimiento y lucha contra la adversidad, en un mundo donde la violencia y la injusticia parecen ser la norma. Kogami se enfrenta a sus propios demonios y a la dura realidad de un mundo en conflicto, mientras intenta encontrar un propósito y una razón para seguir adelante.