La batalla por el destino del Siglo Universal (U.C.) continúa... El año es U.C.0105, 12 años después de la Rebelión de Char. "MAFTY" se opone al gobierno tiránico de la Federación asesinando a sus ministros. Su líder es en realidad Hathaway Noa, hijo de Bright Noa, que luchó en la Guerra de un Año junto a Amuro Ray. Atormentado por traumas del pasado, Hathaway se siente atraído por una misteriosa chica llamada Gigi Andalucía, cuyos extraños poderes despiertan recuerdos en su interior. Mientras se deja llevar por sus crípticas palabras, continúa preparándose para la misión de MAFTY: el ataque a la Conferencia de Adelaida. Kenneth Sleg, de las Fuerzas de la Federación Terrestre, prepara una operación de defensa para la Conferencia de Adelaida y un plan para eliminar a MAFTY, y es abordado por Handley Yoxon, de la Organización de Policía Criminal, con una propuesta secreta. Mientras Hathaway y Kenneth persiguen sus respectivos objetivos, Gigi también parte hacia Hong Kong para cumplir su papel...